Datu Mohammad Salleh mengambil tugas bapanya, Datu Balu sebagai ketua
kampung di daerah Lingkabo dan Sungai Sugut. Perbelanjaan pentadbiran
Datu Mat Salleh adalah daripada pungutan cukai ke atas pedagang-pedagang yang melalui Sungai Sugut pada tahun 1894.Inggeris tidak senang dengan tindakan Mat Salleh itu, lalu menyerang Mat Salleh di Jambongan serta memusnahkan kampung Mat Salleh di Sungai Sugut pada tahun 1896.
Datu Mat Salleh bagaimanapun dapat melepaskan diri. Detik perjuangan Datu Mat Salleh menentang pencerobohan dan keganasan Syarikat Berpiagam Borneo Utara bermula pada bulan Julai 1897. Mat Salleh dan pengikut-pengikutnya menyerang dan membinasakan pejabat Pentadbiran Kompeni di Pulau Gaya. Dalam tahun yang sama juga Mat Salleh menyerang dan membakar Pejabat Residen Kompeni di Ambong.
Pada bulan Disember 1897, Inggeris menyerang kubu Mat Salleh di Ranau. Mereka tewas dan banyak askar Inggeris terbunuh. Seterusnya pada bulan Januari 1898, Inggeris sekali lagi menyerang kubu Mat Salleh di Ranau dengan angkatan tentera yang lebih besar.
Mat Salleh terpaksa mengundurkan diri dan membina kota pertahanan yang baru, yang lebih kuat dan kukuh di kampung Tibabar, Tambunan.
Kota utama Mat Salleh di Tambunan ini sangat sukar ditembusi. Kota ini diperbuat daripada batu-bata, kayu serta buluh tidak dapat ditembusi peluru. Setiap penjuru kota dikawal dan terdapat beberapa terowong atau jalan bawah tanah yang rahsia digunakan untuk meminta bantuan-bantuan senjata, makanan dan lain-lain dari luar kota. Jalan rahsia ini juga dijadikan jalan untuk berundur menyelamatkan diri apabila dikepung musuh.
Tidak lama kemudian, pihak Kompeni menawarkan perdamaian dan Mat Salleh bersetuju, walaupun ditentang orang-orangnya. Tetapi pada 1899, Kompeni cuba mengambil alih Tambunan daripada Mat Salleh dan menyebabkan peperangan tercetus kembali.
Dan akhirnya pada 31 Januari 1900, kota Mat Salleh tumbang akibat serangan hebat Kompeni yang berjaya mematahkan pertahanan Mat Salleh. Dan peristiwa itu menandakan gugurnya Mat Salleh sebagai pejuang bangsa.
Kini sebuah tugu dibina oleh Inggeris untuk memperingati kota Mat Salleh itu. Di tugu peringatan itu, tertulis perkataan dalam bahasa Inggeris yang bererti, 'Tugu ini menandakan tapak kubu Mat Salleh yang telah ditawan oleh Pasukan Bersenjata North Borneo Constabulary pada 1 Februari 1900. Dalam masa pertempuran itu, Mat Salleh yang telah mengetuai pemberontakan selama enam tahun menentang Pentadbiran Chartered Company menemui ajalnya'.
Pada pandangan British, Mat Salleh dianggap sebagai seorang pemberontak, tetapi pada kaca mata rakyat tempatan, dia ialah pejuang kemerdekaan dan seorang pahlawan. Bagaimanapun, terdapat sebilangan rakyat tempatan terutama di kalangan keturunan penduduk yang mempunyai sejarah pernah bertempur atau berperang dengan pihak Mat Salleh, yang tidak mengiktiraf Mat Salleh sebagai pahlawan apatah lagi pejuang kemerdekaan kerana Mat Salleh dikatakan berjuang untuk kepentingan diri dan kumpulannya sahaja dan bukan secara menyeluruh
